چالش اول : معلمان

- باورها و تفكرات سنتی در مورد رسالت و نقش معلمان .

- نگرش نامناسب رده های برنامه ریزی و سیاست گذاری نسبت به معلمان .

- كاهش شأن و جایگاه حرفه ای معلمان در جامعه .

- كاهش جاذبه شغلی معلمی بدلیل كاهش منزلت اجتماعی معلمان.

- بی توجهی نسبت به مشاركت معلمان و برنامه درسی .

- پایین بودن كارایی معلمان بدلیل فقدان انگیزه.

- تمام وقت نبودن – عدم صلاحیت علمی و تدریس.

- ناكارآمدی نظام گزینش و تربیت معلم و دوره های آموزش معلمان.

- سیستم ارزشیابی نامناسب از عملكرد معلمان .

- بی توجهی به رفاه معلم و فقدان شبكه حمایتی.

چالش دوم : مدیریت و ساختارتشكیلات

- عدم درك مدیریت علمی برای حل مسائل و مشكلات آموزشی.

- نظام گزینش و انتصاب و ارتقاء شغلی در پستهای مدیریتی بر اساس صلاحیت های حرفه ای و شایستگی های علمی و تخصصی انجام نگرفته بلكه بیشتر بر اساس تفكر ذهنی و مجرد و سیاسی ، قومی قبیله ای و گروهی صورت می گیرد.

- ناتوانی سیستم در جذب و نگهداشت نیروهای كیفی.

- مدیریت اقتدارگرا و آمرانه و غیر پاسخگو و عدم طراحی و اجرای نظام مدیریتی پاسخگو.

- فقدان نظارت و ارزشیابی و كنترل كیفی.

- تمركزگرایی و دیوان سالاری در بخش مدیریت

-عدم استفاده بهینه از منابع اختصاص یافته به آموزش و پرورش به دلیل مدیریت غیر علمی و غیر صلاحیت مند و اتلاف سرمایه .
- توزیع نامتوازن و نامناسب نیروی انسانی برای تداوم مهاجرت و فعل و انفعالات جمعیت دانش آموزی و جامعه معلمان و ناتوانی در پوشش مناسب آنها در مناطق مختلف.

-وضع آیین نامه های خشک و انعطاف ناپذیر و غیر شفاف و بوروکراسی گرایانه.

چالش سوم : برنامه های درسی و آموزشی

- برنامه درسی غیر پویا ، نامناسب و منتقل كننده اطلاعات دست دوم و حافظه مدار و نتیجه مدار. با کمترین توجه به نیازهای واقعی دانش آموزان در همه سطوح.

- نظام برنامه درسی كاملاٌ متمركز و همگانی و انعطاف ناپذیر و بی توجهی به تفاوتهای اقلیمی – قومی – فرهنگی و تفاوتهای فردی و روانشناختی دانش آموزان .

- نظام برنامه درسی پاسخ مدار ، حافظه مدار و مقاوم در برابر مشاركت معلمان و نوآوری های آموزشی و فن آوری اطلاعات و ارتباطاتی.

- پاسخگو نبودن برنامه ها و روش ها به نیازها و اقتضائات جدید آموزشی و انتظارات جامعه و خانواده .

- نبودن نظریه مشخص و مناسب در حوزه برنامه درسی ، وجود تعارض های ارزشی ، نگرشی و دیدگاهی در فلسفه تربیتی حاكم بر نظام آموزشی.

- عدم جامعت برنامه ها در آموزش مهارت های مورد نیاز و ضروری (مهارتهای حرفه ای و شغلی – حقوقی و وظایف شهروندی ، سواد رسانه ای ، آموزش و دموكراسی و تربیت مدنی ).

- روشهای یك رویه در آموزش و فقدان انعطاف در روشهای یاددهی ـ یادگیری و عدم استفاده از روش های فعال فراشناختی متكی به هنر ، مشاركت و حل مسأله و....از سوی مدیران یادگیری.

- تأكید بر امتحانات و ارزشیابی های نتیجه مدار و تراكمی و صرفاً كمی و ارائه بازخورهای ناكافی و ناقص در مورد یادگیری دانش آموزان از مهمترین آسیب های برنامه درسی می باشد.

چالش چهارم : تأمین و تخصیص منابع

- ناكارآمدی نظام تأمین و تخصیص و توزیع منابع مالی و انسانی.

- پایین بودن نسبت اعتبارات دولت برای آموزش و پرورش نسبت به تولید ناخالص ملی( G.N.P )

- كاهش توأم با نوسان های شدید مهم اعتبارات دولت برای آموزش و پرورش در بودجه عمومی كشور و در بودجه امور اجتماعی .

- كاهش اهمیت سرمایه گذاری در نیرو انسانی و آموزش و پرورش .

فقدان توازن وتعادل درتخصیص هزینه سرانه آموزشی برای سطوح مختلف (ابتدایی ـ راهنمایی ـ متوسطه و عالی )

- كمبود شدید اعتبارات برای هرگونه نوآوری و ابتكار و سرمایه گذاری جدید.